Sekolah Menengah Kebangsaan Putrajaya Presint 11(2) telah dibina pada bulan Oktober tahun 2002 di Presint 11, Putrajaya dengan kawasan seluas 4.5 ekar. Kompleks Sekolah ini telah siap dibina sepenuhnya pada tahun 2006 . Reka bentuk sekolah ini berkonsepkan senibina tropika moden. Konsep ini releven dari segi penyesuaian dengan iklim tempatan dan seterusnya memenuhi objektif Konsep Bandar di dalam taman atau “Garden City Concept” yang menjadi asas pembangunan Bandaraya Putrajaya.

Penyerahan oleh kontraktor KLCC Sdn. Bhd. Kepada Kementerian Pendidikan Malaysia telah dilakukan pada tanggal 19 Jun 2008. Kumpulan pentadbir yang pertama dilantik untuk menguruskan sekolah antaranya Datin Zainon bt Zainuddin sebagai Pengetua, Puan Abidah bt Sidek sebagai Guru Penolong Kanan Pentadbiran, Tuan Haji Abd Aziz b Saleh sebagai Guru Penolong Kanan HEM dan Puan Norani bt Mohamed sebagai Guru Penolong Kanan Ko-kurikulum. Sekolah mula operasi sepenuhnya pada tanggal 5 Januari 2009.

Sekolah Menengah Kebangsaan Putrajaya Presint 11(2) mempunyai 50 buah bilik darjah. Antara kemudahan kemudahan lain termasuk Makmal Komputer, Makmal Matematik, Makmal Sains Teras, Bengkel KH, Bilik ERT, Bilik Seni, Bilik CADD, Pusat Sumber Elektronik, Bilik AVA, Bilik Muzik, Dewan Sekolah, Astaka serta Padang Sekolah.